大约有5%的肥胖患者属继发性肥胖，即继发于其他疾病。继发性肥胖可因中枢神经系统或内分泌系统病变而引起，故又称为“病理性肥胖”。常见的病因有：脑部肿瘤、外伤、炎症等后遗症，丘脑综合症候群等；脑垂体前叶功能减退、垂体瘤、产后出血等；糖尿病前期，胰腺瘤等，使胰岛素分泌过高，脂肪分解过少，而脂肪合成旺盛，代谢率降低，造成肥胖；肾上腺皮质增生或腺瘤使肾上腺皮质功能亢进，皮质醇分泌过分引起的“柯兴氏综合征”，其常见的表现为肥胖；甲状腺功能减退，并常伴有粘液性水肿；性腺功能减退，如女性绝经期、多囊性卵巢等；维生素B族缺乏症，脂肪在转化为能量的过程中，需要多种营养素参加，尤其是维生素B1、B2、B6、烟酸、胆碱等B族维生素，如果这些营养素不足，就会妨碍脂肪代谢，进而积存于体内导致肥胖