根据有关部门的科学测定，全聚德烤鸭中含有蛋白质、脂肪、维生素B1、维生素B2、矿物质等多种营养素按每100克可食部含蛋白质克重比较，全聚德烤鸭蛋白质含量（19.2）高于猪肉（9.5）、鹅肉（10.8）、羊肉（13.3），略底于牛肉（20.1）、鸡肉（21.5）。
北京烤鸭的脂肪大部分均匀地分布在肌肉组织纹理中，这是烤鸭肉质柔嫩、味道鲜美的重要原因。
全聚德烤鸭中维生素B1的含量为0.13毫克/100克，维生素B2的含量为0.21毫克/100克。烤鸭中各种矿物质含量与其他肉类食品大体相近（内脏类食品及某些水产品除外）。
鸭肉本身糖类含量较低，但由于在一般情况下，烤鸭与荷叶饼、甜面酱一起配着吃，面饼面酱中都含有丰富的糖类物质，薄饼中（富强粉）糖类含量为50.8克/100克，面酱中糖类含量为27.3克/100克，从而弥补了北京烤鸭营养价值上的这一方面的缺陷。
人们吃烤鸭时，常常佐以大葱、大蒜、黄瓜条，这些食品与烤鸭共同食用，不仅可以起到平衡酸碱的作用，而且这些食品中的维生素C及膳食纤维具有使胆固醇下降和纤维蛋白质溶解活性升高，帮助消化的功能。她们提高了烤鸭的营养价值，增强了烤鸭的风味特色，使其肥而不腻，久吃不厌。说明了烤鸭在食用方法上的科学性。