新疆心灵成长训练营的主办单位制订了严格的安全预案，以确保每位营员的身心安全。新疆心灵成长训练营时刻以安全为主，把安全放在活动的第一位。主要是采取了以下几方面的措施：
（1） 训练营组委会将安全问题放在首位，通过制度考核、人员配备、加强监护和投保保险工作来确保营员在训练营中的身心安全。同时，组委会主任直接安排和监督各项安全工作的进行。
（2） 训练营确保营地的环境安全，训练营管理人员和辅导员将执行严谨的安全预案，除营地有治安巡逻值班外，营长、辅导员每晚要进行两次以上查房。
（3） 组委会为将每位营员办理“旅游安全人身意外伤害保险”，保额为10万元人民币。
（4） 训练营享有对营员健康状况的知情权，家长须确保营员在参加本训练营之前未患有精神类疾病、传染类疾病、心脏病等不适宜参加集体活动的疾病，特殊情况需照顾须在报名表上特别注明营员的健康情况，协助训练营组委会提供有效的照顾。
（5） 训练基地设置医务室，训练营活动过程中有专门的随队医生若干名，随时解决同学们遇到的不适问题。
（6） 每个营会有专业的课程教师，每10-15人配备一名辅导员老师。
（7） 训练营实行全封闭式管理，以班级为单位，统一行动，请假和特殊情况的离队都需要经过特定的手续或者在教师的监控之下方可。