济南药市会在清初就已经兴起，是全国三大药市会之一，规模比河北祁州（今安国）、河南禹州（今禹县）略小。旧时，济南趵突泉南门偏西有药王庙，传说夏历四月二十八日是药王生日，每年这天，药商、药农和民众多到药王庙祭祀，庙内主持雇戏班演戏，观者如堵，药商、药农便携各种中草药和中成药来此出售，其他商人也携各种商品来此交易，买卖者多达上万人，遂形成以药王庙为中心的庙会，因庙会以买卖药材为主，后又称为“药市会”。
赶会的人逐年增多，会址便由趵突泉南门移到山水沟、三合街、正觉寺街、双龙街、券门巷、祭坛巷一带。1931年济南市国药业公会成立后，药市会改从夏历三月二十日开始，会期一般10～15天。赶济南药市会的主要是东北、华北、华南等省市及山东各地的药农、药商，韩国仁川等地的药商当年也有来赶会的。
“七七”事变后，药市会逐年衰败，直到济南解放后，药市会才逐渐恢复。建国后的十几年内，药市会兴盛，每年赶会群众多达几十万人次。1966年“文化大革命”开始，有几百年历史的济南药市会中止。70年代末，济南千佛山庙会恢复，药商、药农多赶千佛山庙会，中草药交易遂成为千佛山庙会的一部分内容。