南京自古喜食鸭馔，盛行以鸭制肴，有“金陵鸭肴甲天下”之美誉。鸭血粉丝汤为迎合各地饮食特色进行改良，在制作时，各地均有不同，南京均采用用鸭血，流传各地后又均有改变。
南京的鸭肴已有1400多年的历史，鸭血汤是鸭血粉丝汤的雏形，里面放有鸭血、鸭肠、鸭肝、鸭胗等食品，清朝时期，有人将粉丝放入鸭血汤内，汤汁芳香四溢，卖相极佳，由此产生鸭血粉丝汤。
传说有个南京人杀鸭子的时候用一个小碗装起来它的血舍不得丢掉，不料粉丝掉进去弄脏了。无奈，他只好把粉丝和鸭血一起煮，却不料，居然烧出了第一碗鸭血粉丝汤，只闻汤汁芳香四溢，引来无数路人竞相猜测这美味的汤是如何烹饪的。某财主听闻此事，封此人为职业厨师，专门给财主和他的姨太太们烹饪鸭血粉丝汤，后人遂得此佳肴。
另有一种说法是鸭血粉丝汤最早由镇江落第秀才梅茗所创，来自镇江的人在南京经营了小吃店，然后将传统的南京鸭血汤做了改良，放入了粉丝。不过无论是南京自创说还是镇江改良说，有一点可以肯定的是鸭血粉丝汤不论是鸭汤的烹制，还是鸭血、鸭肝与鸭肠的制作，都采用的是传统制作金陵盐水鸭的方法，是金陵菜中重要的代表。