飞叠杯的规则很简单，就是要将杯子按不同的组合打开成为一个或者几个金字塔的形状。目前飞叠杯比赛中规则是“循环摆法”，即先将杯子摆成3-6-3的金字塔，随后是6-6的金字塔，再然后是将杯子摆成1-10-1的金字塔状。最后再将所有的杯子收回到一起。
在飞叠杯国际比赛中，还有更多玩法，比如单人3-3-3，单人3-6-3，单人cycle(循环)，双人赛、四人团队赛和盲叠。双人赛的规则是两人站在一套飞叠杯面前，各出一手，要像一个人的两只手一样运作；而在团队赛中，队员们一个接一个地出马，前一个人摆放杯子的情况也可能影响到后一个人的竞技；盲叠，顾名思义选手必须蒙上双眼按照正常比赛规则完成所有杯子的造型。
最正规的比赛还是世界飞叠杯联合会举行的。比赛分为好几个年龄组，由于参赛者手脚太快，为了防止参赛者有违规行为，主办方起用了3个裁判，同时还规定，必须对参赛者的全部动作进行录像，以备随时查证。
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